In der Pflanzenheilkunde kommen als Phytopharmakon grundsätzlich nur ganze Pflanzen oder Pflanzenteile (Blüten, Blätter, Samen, Rinden, Wurzeln) zur Anwendung. Diese in der Pharmazie Drogen genannten Ausgangsstoffe werden frisch oder als Aufguss bzw. Auskochung (Tee), Saft, Tinktur, Extrakt, Pulver etc. therapeutisch angewendet. Eine chemische Isolierung eines einzelnen Arzneistoffs ist nicht vorgesehen, es wirken also immer Stoffgemische. Daher kann ein Phytopharmakon verschiedene Wirkungen haben oder bei verschiedenen Krankheitsbildern angewendet werden. Da es sich bei Phytopharmaka um Naturprodukte handelt, unterliegen die wirksamen Inhaltsstoffe natürlichen Schwankungen. Vom Klima und dem Standort der Pflanze, über den Erntezeitpunkt und die Lagerung bis zum Herstellungsprozess reichen die Faktoren, die die Zusammensetzung eines Phytopharmakons (z.B. eines Kamillentees) beeinflussen. Daher ist die Standardisierung der Ausgangsstoffe und Methoden für die Arzneimittelherstellung sehr wichtig. Im Gegensatz zur Pflanzenheilkunde versucht die moderne Pharmakologie reine Arzneistoffe zu isolieren oder sogar künstlich herzustellen beziehungsweise zu verändern, um Wirkungen zu verbessern und unerwünschte Nebenwirkungen zu vermindern.
Die Pflanzenheilkunde basiert auf traditioneller Medizin. Erfahrungswerte, überliefertes Wissen und Traditionen spielen eine wichtige Rolle. Viele Wirkungen von Heilpflanzen sind nicht wissenschaftlich belegt. Dennoch folgt die moderne Pflanzenheilkunde den Grundsätzen der naturwissenschaftlich begründeten Medizin, indem sie von einer Dosis-Wirkungs-Beziehung ausgeht und ähnliche Krankheitsbilder definiert. Im Gegensatz dazu stehen „alternative Heilungsmethoden“ wie die Anthroposophische Medizin oder die Homöopathie, die die Wirkung ihrer Arzneimittel auf spezielle Vorstellungen gründet.
Auch die Traditionelle Chinesische Medizin (TCM) verwendet zum größten Teil Pflanzen und deren Bestandteile. Seit Jahrzehnten wird die medizinische Wirksamkeit der chinesischen Kräutermedizin oder TCM in Studien erforscht.
Viele moderne pflanzliche Arzneizubereitungen oder daraus isolierte Reinstoffe haben eine lange Geschichte der Anwendung als Heilmittel - wie etwa Opium, Aspirin, Digitalis, Chinin und andere. Die Weltgesundheitsorganisation (WHO) schätzt, dass aktuell 80 % der Weltpopulation die Pflanzenheilkunde für einige Bereiche der grundlegenden medizinischen Betreuung einsetzt. Für einen großen Teil der Weltpopulation, von der die Hälfte mit weniger als 2 $ pro Tag auskommt, sind Medikamente sehr teuer. Im Vergleich dazu kann man in der Pflanzenheilkunde auf Produkte der Natur zurückgreifen, die weniger oder sogar nichts kosten.
Die Misteltherapie ist eine Behandlungsmethode, die von dem Begründer der Anthroposophie Rudolf Steiner und der Ärztin Ita Wegman initiiert wurde. Sie wird bis heute zumeist innerhalb der anthroposophischen Medizin zur Behandlung von Krebs eingesetzt. Hier gehört sie zu einer der bei Krebserkrankungen am häufigsten eingesetzten naturheilkundlichen Therapien.
Rudolf Steiner äußerte sich Ende 1916 erstmals zu den Möglichkeiten einer Behandlung von Krebs mit Mistelextrakten. Die Ärztin Ita Wegman griff seine Anregungen auf und entwickelte 1917 gemeinsam mit einem Züricher Apotheker das erste Mistelpräparat Iscar, das 1926 in Iscador umbenannt wurde. 
Verwendet wird die Weißbeerige Mistel (Viscum album) verschiedener Wirtsbäume.